Scutul oval în heraldica contemporană este recunoscut ca o formă apropiată spiritului academic, din care cauză a fost ales în mod special pentru stema Academiei de Ştiinţe din Moldova şi institutele din componenţa ei.
Culoarea albastră este în primul rând un simbol al fidelităţii şi perseverenţei. În acelaşi timp, albastrul-azur este culoarea cerului, a infinitului, a visului, a vieţii paşnice şi libere. Albastrul este, totodată, culoarea identitară a civilizaţiei europene, culoarea Europei unite. Astfel, câmpul albastru al scutului stemei şi al pânzei drapelului sugerează fidelitatea şi perseverenţa în cercetarea ştiinţifică, libertatea gândului, academismul în confruntarea ideilor ştiinţifice, vocaţia europeană.
Emblema principală a stemei este sfinxul – un monstru fabulos, având capul şi pieptul unei femei, iar restul corpului de leu, şi aripi de vultur – care simbolizează frecvent unitatea minţii şi corpului, înţelepciunea şi puterea divină. Prin tradiţia grecească, sfinxul a devenit simbolul întrebărilor legate de existenţa umană, al întrebărilor existenţiale la care omenirea este provocată să răspundă. Sfinxul este simbolul enigmei atotştiutoare şi discrete. Pentru Institutul de Matematică şi Informatică această emblemă a lucrurilor enigmatice este apropiată şi pentru că unul din primele calculatoare (electromecanice) a purtat numele "Enigma".
Aurul sfinxului accentuează inteligenţa, prestigiul, virtutea şi grandoarea mobilei.
Cea dea doua mobilă heraldică utilizată – steaua radioasă de argint cu şase raze – ca orişice astru este un simbol al luminii care străpunge întunericul, este o stea a ştiinţei şi a cunoaşterii.
Deviza "NON MULTA, SED MULTUM" (Nu multe, ci mult) exprimă ideea că nu mulţimea cunoştinţelor contează, ci calitatea lor, şi că trebuie să spui mult în cuvinte puţine. În această stemă deviza aleasă subliniază faptul că matematica, prin mijloacele foarte laconice ale formulelor, este în stare să exprime legităţi cu caracter profund, poate chiar universal.
Drapelul a fost elaborat prin metoda desfacerii câmpului heraldic în câmp vexilar, la fel ca în cazul drapelului Academiei de Ştiinţe a Moldovei, mobilele heraldice fiind încadrate de o cunună ovală sugerând ovalul scutului, alcătuită din două ramuri de măslin, copacul zeiţei Atena, protectoarea tuturor ştiinţelor.